Es un conjunto de hábitats con características acuáticas y terrestres, conformado por bosques hidrófilos leñosos y cientos de especies de fauna, además de micronutrientes y componentes abióticos, suelo y agua circundantes.
Los manglares, especies vegetales dominantes en el ecosistema que lleva su nombre, conforman masas forestales muy densas, con alturas diversas que llegan en algunas especies hasta 30 metros de altura.
Estas especies se sitúan sobre terrenos anegados, fangosos y arcillosos, en zonas intermareales y se ubican ordenadamente de acuerdo con su resistencia a la sal.
Pueden adaptarse a diferentes grados de salinidad, ya que están en contacto con agua marina, en combinación con agua de la desembocadura de los ríos, por lo que se les conoce como plantas halófitas.
Es propio de las zonas costeras, incluye bosques de mangle, esteros, canales, lagunas, entrantes, islas, islotes, áreas salinas y suelos fangosos. Constituye un humedal, ecosistema de transición entre el ecosistema marino y el de tierra firme.
En marea alta se observan las copas de manglares sobre el agua y en marea alta, sus raíces aéreas, que captan el oxígeno y lo transmiten hacia las raíces enterradas; luego los nutrientes del agua de mar circulan por la planta, expulsando por sus hojas la sal.
Estos asombrosos mecanismos permiten a los manglares sobrevivir en un suelo sin oxígeno y con altas concentraciones salinas y aprovechar los sedimentos de los ríos.
Los ecosistema de manglares en el país cubren aproximadamente 379.954 hectáreas que se reparten entre la costa pacífica y la región Caribe.
Los manglares se desarrollan de manera natural, en las franja intermareales de las costas tropicales y subtropicales del planeta, constituyéndose de estas manera en un ecosistema complejo, por la interacción de cientos de especies de todo los niveles taxonómicas, desde microorganismos hasta especies mamíferos grandes y vistosas, incluyendo entre todas estas cientos de clases de peces que son el sustento de muchas comunidades. Todas las especies que interactúan en el manglar tienen su nicho específico y funciones determinadas dentro del manglar que son vitales para la dinámica y funcionamiento de estos ecosistemas.